Los llamados a concursos de proyectos de Institutos y Núcleos Milenio tienen dos propósitos: la creación de nuevos centros de investigación de excelencia y la renovación competitiva de aquellos que terminan su primer período de ejecución.
Los principales criterios para evaluar los proyectos son: la excelencia académica y científica del proyecto y de sus investigadores; los objetivos y el enfoque del plan de investigación; la calidad técnica y metodológica del proyecto; la transdisciplinariedad y trabajo asociativo entre los investigadores y colaboraciones externas del proyecto; la capacidad de formación de científicos jóvenes; la proyección institucional; el costo total y las fuentes complementarias públicas o privadas de financiamiento; y las condiciones generales para que se logren los propósitos.